La ley 99 de 1993 creó el Sistema Nacional Ambiental (SINA), que se define como el conjunto de orientaciones, normas, actividades, recursos, programas e instituciones que permiten la puesta en marcha de los principios generales ambientales contenidos en la Constitución Política de Colombia de 1991 y la ley 99 de 1993. El SINA está integrado por el Ministerio del Medio Ambiente, las Corporaciones Autónomas Regionales, las Entidades Territoriales y los Institutos de Investigación adscritos y vinculados al Ministerio. El Consejo Nacional Ambiental tiene el propósito de asegurar la coordinación intersectorial en el ámbito público de las políticas, planes y programas en materia ambiental y de recursos naturales renovables.

La ley 99 de 1993 también crea los Institutos de Investigación adscritos y vinculados al Ministerio del Medio Ambiente, como órganos de carácter técnico asesor para el Sistema Nacional Ambiental (SINA). Los otros cuatro institutos creados son:

• El Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM), cuyo objetivo es obtener, analizar, estudiar, procesar y divulgar la información relativa al medio ambiente físico.

• El Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras José Benito Vives de Andreis (INVEMAR) realiza investigación sobre los recursos naturales renovables y el medio ambiente en ecosistemas marinos y costeros.

• El Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI realiza investigaciones biológicas y sociales de la región amazónica.

• El Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico realizará investigaciones sobre el medio ambiente del Litoral Pacífico.