Instituto de Investigación de Recursos Biológicos
Alexander von Humboldt

Investigación en biodiversidad y servicios ecosistémicos para la toma de decisiones

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Infraestructura Institucional de Datos (I2D)

  
ibisi2d

Tener una infraestructura de datos es tan importante como tener una infraestructura física. Esto permite encontrar mas fácilmente los datos que se necesitan, incrementar el trabajo colaborativo, hacer interoperables los sistemas y ser mas eficientes y productivos. En su construcción se buscan dar respuesta a preguntas como ¿qué datos deben ser privados o de acceso restringido?, ¿cuáles pueden ser dispuestos gratuitamente o accedidos mediante financiación?, ¿cuales son los datos que el país y el Instituto necesitan?, ¿cuál es la calidad de los datos que estamos generando?

La Infraestructura Institucional de Datos (I2D) es la puerta de acceso a los datos e información generada por el Instituto, internamente para el desarrollo de su labor misional y externamente estudiantes, investigadores, entidades estatales y ONG entre otros. La I2D está trabajando para garantizar el acceso a los datos mediante su catalogación y disposición a través de la Web. Sin embargo, a largo plazo el objetivo es la integración de datos de diferentes temáticas y fuentes para responder otras preguntas.

A nivel interinstitucional, la I2D garantiza la interoperabilidad con sistemas de mayor envergadura como el SiB Colombia, el Sistema de Información Ambiental de Colombia (Siac), la Infraestructura Colombiana de Datos (ICD) y la Infraestructura Colombiana de Datos Espaciales (ICDE).

En este momento el proceso está orientado en la búsqueda del mejoramiento de los procesos de gestión de datos biológicos y geográficos, también en la construcción de las herramientas necesarias para facilitar el acceso a esta información. Se planea incorporar en el futuro otros tipos de datos relacionados con la biodiversidad como los socioeconómicos, ecológicos, documentos, imágenes y sonidos, entre otros.

A través de este sitio se puede acceder a más información acerca de nuestros servicios y catálogos de información. Tenga en cuenta los siguientes aspectos para encontrar lo que necesita:


· Para buscar datos generados por el Instituto remítase a los Catálogos biológico y geográfico.

· Para encontrar información histórica que aún se encuentra catalogada revise la sección de inventarios.

· Para solicitar información que tiene algún tipo de restricción y no puede ser descargada libremente a través de los catálogos o información histórica que se encuentra en los inventarios remítase a la sección de Solicitudes.

· Si usted genera datos, como investigador o contratista del Instituto Humboldt, es importante que revise las secciones de incorporación de datos y recursos. Allí encontrará la guía del proceso para entrega de sus datos y recursos.

· Para conocer quienes conformamos la I2D remítase a la sección de Equipo.

 

logo2Los datos Biológicos incorporados a la I2D, pueden ser consultados a través del Catálogo de Información Biológica CEIBA. Una vez se identifiquen los datos de interés estos pueden ser solicitados a través del formulario, Solicitud de información Biológica.
 
Los datos dispuestos en CEIBA están estructurados siguiendo el estándar Darwin Core y los metadatos siguen el estándar GMP. CEIBA es una personalización de la herramienta IPT desarrollada por GBIF. Para saber mas acerca del proceso de incorporación de recursos a este catálogo por favor revise la sección de Incorporación de datos.
 
Para tener en cuenta:
  • - Por favor tenga presente que hay recursos con restricciones temporales de acceso y uso, por lo que la I2D no podrá compartir esta información hasta que ésta sea liberada. 
     
  • - Recuerde que existen recursos incorporados a la I2D de acceso libre y que están siendo publicados a través del portal del SiB Colombia y GBIF. Estos se pueden identificar en el catalogador CEIBA remitiéndose a la sección “Enlaces externos” dentro de cada metadato.
 
logo I2DEl Catálogo de información Geográfica es la herramienta para incorporar, descubrir y acceder a los datos geoespaciales generados y custodiados por el IAvH, estos datos pueden ser descargados dependiendo de las restricciones de acceso del conjunto de datos; Si encuentra un conjunto de datos que sea de su interés pero no encuentra la opción de descarga es posible que no sean datos abiertos al público y necesite de un licenciamiento especial para su uso. 
 
Los datos dispuestos en  este catálogo están documentados siguiendo el estándar ISO 19139. Esta herramienta es una personalización del software Geonetwork desarrollado por FAOWFP, y UNEP.
Para saber mas acerca del proceso de incorporación de recursos a este catálogo por favor revise la sección de Incorporación de datos.

 Incorporación de datos

Para garantizar la seguridad y acceso a los recursos de información geográfica y biológica generados en el marco de procesos de investigación, convenios o contratos del IAvH, estos deben ser entregados a custodia de la I2D. Las instrucciones para la entrega de los datos biológicos o geográficos y sus archivos de soporte para su custodia e incorporación a los catálogos de la I2D son las siguientes:

Antes y durante la generación del producto:

1. Capacitación de la I2D al supervisor (o quien este formulando el proyecto) sobre los procesos y estándares si este no los conoce. El supervisor debe hacer la solicitud al correo electrónico Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
2. Generación de plantillas para el ajuste de los estándares a las características de los datos y el proyecto y agilizar los procesos. La plantilla es hecha por el supervisor del contrato (o quien este formulado el proyecto) con la asesoría de la I2D y su revisión.
3. En el caso de los datos geográficos se recomienda la generación de especificaciones técnicas. Para este fin puede seguir el Instructivo generado para tal fin (supervisor o investigador con el apoyo de la I2D).
4. Capacitación por parte del supervisor a las personas encargadas de la generaración de los datos de los lineamientos que debe seguir para tal fin (especificaciones) y sobre el proceso de incorporación de estos datos a la I2D.
5. Generación de los recursos (investigador o contratista).
6. Revisión y aprobación de los recursos (supervisor o investigador).

Después de la generación del producto:

1. Notificación por parte del supervisor a quien genero los datos (contratista o investigador) para que dé inicio al proceso de incorporación a la I2D.
2. Quien genero los recursos debe solicitar la incorporación de estos a la I2D, mediante los siguientes formularios, teniendo en cuenta el tipo de datos a incorporar.
     o Formulario para solicitud de incorporación datos biológicos.
     o Formulario para solicitud de incorporación datos geográficos
3. Entrega por parte de la I2D de las credenciales para la documentación de metadatos y los instructivos para la incorporación de recursos.
4. El contratista diligencia los metadatos y notifica una vez termine el proceso, es importante tener en cuenta que:
    • Para el caso de datos geográficos, el contratista debe cargar los datos directamente en la herramienta.
    • Para el caso de datos biológicos, el contratista debe enviarlos vía correo electrónico junto con la notificación anteriormente mencionada.
5. Validación de datos y metadatos por parte de la I2D, y envió de las correcciones que deben ser realizadas por el contratista (cuando haya lugar).
6. Una vez el contratista realicé los ajustes solicitados debe contactarse nuevamente con la I2D, bien sea para notificar que los metadatos fueron corregidos o para enviar los conjuntos de datos ajustados (cuando aplica).
7. Generación y envió del certificado de incorporación (obligatorio para terminar contrato en caso de contratistas).

Puede ver el detalle de todo el proceso a través del siguiente diagrama de flujo.

 

Para tener en cuenta:

- Se recomienda que el proceso final de incorporación, comience aproximadamente 15 días antes del vencimiento de dicho contrato o convenio para evitar retrasos en la liquidaciones. Quienes diseñen los proyectos deben tener en cuenta estos tiempos dentro de los contratos que generen.

- Para los contratos o convenios donde se realizan colectas y por ende realizan depósito de ejemplares en las colecciones, es importante tener en cuenta que los certificados se emiten de manera simultánea, por lo tanto una vez se realiza la revisión del conjunto de datos por parte de la I2D, este debe ser revisado por el equipo de colecciones quienes se encargan de corroborar que lo que ingresó a colecciones coincida fielmente con el conjunto de datos. Si se requieren ajustes después de dicha revisión el proceso se puede alargar.

- Si las correcciones solicitadas en la primera validación no fueron tenidas en cuenta en su totalidad, se procederá a una segunda validación y así se repetirá cuantas veces sea necesario.

Los servicios WMS y WMTS, permiten visualizar mapas y consultar los datos alfanuméricos asociados a los elementos geográficos que se están consumiendo; por otro lado, los WFS permiten acceder a los datos geográficos que se están consumiendo, es decir, permite descargar la información que se está visualizando. Para visualización y consulta se recomienda usar los servicios WMST para tener un mejor rendimiento.

Para conocer en detalle que es un Geoservicio, más información sobre los datos que utiliza y cómo usarlos a través de aplicaciones de Sistemas de Información Geográfica vea: https://goo.gl/AWbtgT   

Un paso a paso de cómo acceder a los servicios desde ArcGIS se encuentra en los siguientes videos:

  • Servicio WMS

  • Servicio WMTS

Un paso a paso de cómo acceder a los servicios desde QGIS se encuentra en los siguientes videos:

  • Servicio WMS

  • Servicio WMTS

  • Servicio WFS

La siguiente información geográfica generada por el IAVH está disponible como geoservicios:

Servicio: Capas históricas del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt.
Capas de información que lo componen Tipo de Servicio Metadato
Áreas Importantes para la Conservación de las Aves - AICAS. 2015

WMS 

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Historicos/wms)

Metadato
Bosque Seco Tropical. 1:100.000
Complejos de Páramos de Colombia. 1:100.000

WMTS 

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/gwc/service/wmts)

Ecosistemas Generales Etter. 1:2'000.000. 1998.
Ecosistemas de la cuenca del Orinoco Colombiano. 1:250.000. 2000.

WFS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Historicos/wfs)

Grado de transformación de humedales de Colombia. 1: 100.000. 2015.
Servicio: Delimitación de paramos y humedales Fondo Adaptación
Capas de información que lo componen Tipo de Servicio Metadato
Páramos

Humedales

WMS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Proyecto_fondo_adaptacion/wms)

Metadato

WMTS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/gwc/service/wmts)

WFS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Proyecto_fondo_adaptacion/wfs)

Servicio: Coberturas de la tierra en las zonas Arauca piedemonte, Arauca sabana, Casanare piedemonte y Casanare sabana. 1:25000
Capas de información que lo componen Tipo de Servicio Metadato
Coberturas. 2009-2010 de las zonas Arauca piedemonteArauca sabanaCasanare piedemonte y Casanare sabana.

WMS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Proyecto_oleoducto_bicentenario/wms)

Metadato

WMTS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/gwc/service/wmts)

WFS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Proyecto_oleoducto_bicentenario/wfs)

Servicio: Áreas prioritarias para la conservación de la biodiversidad (preservación, restauración, uso sostenible y generación de conocimiento)
Capas de información que lo componen Tipo de Servicio Metadato
Biomas

WMS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Proyecto_PACBAO_Ecopetrol/wms)

Metadato
Colapso acuático
Colapso terrestre
Colapso total

WMTS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/gwc/service/wmts)

Distritos Biogeográficos
Hidrobiología
Lineamientos

WFS

(http://geoservicios.humboldt.org.co/geoserver/Proyecto_PACBAO_Ecopetrol/wfs)

Unidades de Análisis
Metas de conservación
Unicidad

Es importante resaltar que no se puede acceder a estos servicios usando directamente la URL de la columna Tipo de servicio, esta se utiliza a través de software especializado (QGIS, ArcGIS Ver sección 4) o a través de un explorador web utilizando las peticiones estándar de cada servicio (para tener más información de estas remítase al respectivo estándar disponibles en la página web del OGC ).

Solicitudes

En esta sección podrá encontrar los diferentes tipos de solicitudes que pueden realizarse a través de la I2D.

Solicitud de datos históricos no incorporados a la I2D

Existen inventarios preliminares, así como el catalogador usado hasta 2013, catalogador SIB sobre información ambiental-Cassia donde puede hacer la consulta de los recursos históricos generados por el Instituto, que sean de su interés y por los cuales desea hacer una solicitud. Puede solicitarnos también, una búsqueda mas profunda en nuestra base de datos por un criterio geográfico, biológico, temático o temporal.

Para solicitar esta información si es un contratista o investigador del Instituto diligencie por favor los siguientes formularios:

Solicitud de información Biológica.
Solicitud de información geográfica.

Si usted hace una solicitud desde una entidad externa por favor remitirla al correo electrónico Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo., o como particular al correo: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

Solicitud de datos a otras entidades

Si necesita información de otras entidades que no se encuentre dentro de la custodiada por la I2D. Se puede hacer gestión de su solicitud a través del siguiente formulario.

Solicite aquí información a entidades externas.

Acceso de visualización a datos geográficos

Los investigadores con conocimientos en el manejo de información geográfica y que justifiquen la necesidad de un acceso continuo a la información espacial pueden tener acceso remoto de lectura a los conjuntos de datos geoespaciales que sean de libre acceso y uso dentro del Instituto. Para solicitar dicho acceso diligencie el siguiente formulario: Solicite aquí el acceso a datos geográficos

Para tener en cuenta:

- Por favor tenga presente que hay recursos con restricciones temporales de acceso y uso, por lo que la I2D no podrá compartir esta información hasta que ésta sea liberada.

- Recuerde que existen recursos incorporados a la I2D de acceso libre y que están siendo publicados a través del portal del SiB Colombia y GBIF. Estos se pueden identificar en el catalogador CEIBA remitiéndose a la sección “Enlaces externos” dentro de cada metadato.

Recursos

En esta sección puede encontrar recurso de utilidad para el proceso de diseño, generación de datos en el Instituto Humboldt y su incorporación a la I2D.

Generales

  • Licencia para el acceso y uso de información generada o custodiada por el Instituto Humboldt

    Este acuerdo de usuario establece los términos y condiciones de licenciamiento de la información custodiada la Infraestructura Institucional de Datos-I2D.

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    Acuerdo

Información Biologica

  • Plantilla Darwin Core para Registros biológicos

    Para lograr compartir e intercambiar información sobre biodiversidad de una manera mas efisciente, los datos entregados a la I2D deben estar estructurados según el estándar Darwin Core. Esta plantilla es la base para la documentación de observaciones biológicas, ejemplares de colección, fotografías de especímenes, entre otros, en donde el registro equivale a una unidad de muestreo o individuo y el nombre de la especie se puede duplicar cuantas veces sea necesario. En este caso la información documentada esta relacionada a información particular del individuo (ej., localidad específica, rasgos funcionales, secuencias genéticas).

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    Descarga

  • Plantilla Darwin Core para listados de especies

    Para lograr compartir e intercambiar información sobre biodiversidad de una , los datos entregados a la I2D deben estar estructurados según el estándar Darwin Core. Esta plantilla es la base para la documentación de Inventarios de especies, recopilaciones derivadas de registros biológicos, entre otros, en donde el registro equivale a una sola especie, es decir, que el nombre de la especie NO se puede duplicar dentro del conjunto de datos. En este caso la información documentada esta relacionada a información particular de la especie (ej., categoría de amenaza, endemismo).

    xlsverde

    Descarga

Información Geoespecial

  • Lineamientos generales para la incorporación de datos geoespaciales

    Este documento hace una descripción general acerca de los aspectos que debe cumplir la información generada en el marco de proyectos del instituto, antes de su incorporación a la I2D. Trata temas como la definición de que recursos entregar, de que manera, y como hacer el proceso de documentación.

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  • Instructivo para la documentación de metadatos

    Instructivo con el paso a paso de como crear metadatos en el catalogo de datos geográficos (Geonetwork).

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  • Instructivo para la generación de especificaciones técnicas

    Instructivo con una gua detallada de como generar especificaciones técnicas de productos geográficos.

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  • Instructivo para la catalogación de objetos

    Instructivo con una guía detallada de como catalogar objetos geoespaciales.

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  • Plantilla para la catalogación de objetos geográficos

    Plantilla con los elementos base para documentar tipos de objetos geográficos. Para guiar su diligenciamiento puede utilizar el instructivo para la catalogación de objetos (anterior).

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  • Plantillas institucionales de metadatos

    Archivos xml de ejemplo de las plantillas institucionales de metadatos cargadas en el catálogo de datos geográficos, con los elementos básicos que deben tener los metadatos de productos geográficos del Instituto (vector y raster). Esta pre-diligenciado para tener una guía del contenido de los campos. Con base en estos archivos se pueden generar plantillas mas restrictivas para cada proyecto o un conjunto de datos si así lo requiere. Si esta interesado en esto, contactase con nosotros para recibir mas información.

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    Descargar

  • Plantillas para salidas gráficas

    Ejemplo de salidas gráficas para la elaboración de mapas en formato horizontal y vertical.

    xlsnaranja

    Descargar

Para tener en cuenta:

Si necesita cualquier ayuda en el uso de estos estándares y guías, el licenciamiento y/o en el proceso de estructuración y documentación de datos a incorporar en la I2D no dude en contactarse con nosotros al mail Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

Equipo

  • Lider

    JhonnyJhonny Saavedra. Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Ingeniero catastral y Geodesta, Máster en Tecnologías de la Información. Actualmente candidato a Doctor en Ingeniería Geográfica. La experiencia profesional de Jhonny se ha desarrollado en las áreas de la Web Semántica, Sistemas de Información geográfica e Infraestructuras de datos Espaciales.

     

  • Componente Biológico

    Orientado a facilitar la disponibilidad y acceso a la información biológica generada por el Instituto. Para lograrlo, este componente adopta estándares globales para documentar y estructurar datos primarios y secundarios asociados a registros biológicos, listas de especies, datos filogenéticos, moleculares, entre otros.

    carolinaCarolina Castro Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Bióloga de la Pontificia Universidad Javeriana. Carolina trabajó con la Fundación Proyecto Primates donde encaminó parte de sus estudios a la investigación sobre ecología, comportamiento y conservación de los monos araña (Ateles hybridus) en poblaciones ubicadas en el Magdalena Medio. Ha estado vinculada a empresas de consultoría donde coordinó el componente de fauna y se desempeñó como mastozoóloga.

     

    Juan CarlosJuan Carlos Rey Velasco Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Biólogo egresado de la Universidad Industrial de Santander. Juan ha desarrollado investigaciones en la línea de diversidad de insectos y filogenia del virus del Dengue. Su experiencia laboral se centra en curatoria y sistematización de colecciones biológicas, caracterizaciones de fauna terrestre y manejo de fauna silvestre. Sus conocimientos académicos se centran principalmente en: entomología, curatoria, ecología, estadística, sistemática e informática de la biodiversidad.

  • Componente Geoespacial

    Orientado a facilitar la disponibilidad y acceso a la información geográfica generada por el Instituto. Para lograrlo, este componente adopta estándares globales y tecnología que permita documentar y catalogar bases de datos, archivos de mapas , imágenes de satélite, entre otros.

    yennyYenny Quintero. Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Ingeniera Catastral y Geodesta, especialista en Sistemas de información geográfica. La experiencia profesional de Yenny se ha centrado en la gestión de información geográfica, catastro y gestión predial.

     

     

     

     

    Fotografía Edwin TamayoEdwin Tamayo Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Ingeniero Catastral y Geodesta, Especialista en Análisis Espacial de la Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá. Edwin posee experiencia profesional en áreas afines al Ordenamiento del Territorio y toma de decisiones sobre el mismo. Ha trabajado en entidades públicas y privadas, donde ha desempeñado cargos relacionados con gestión predial, geomática, estructuración de información geográfica, edición y producción de productos cartográficos.

     

  • Componente informático

    Orientado a coordinar, administrar y mantener la infraestructura tecnológica con la cual se integra, dispone y accede a la información institucional.

    CarlosCarlos Beltran. Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Ingeniero de Sistemas con especialización en Gestión de Redes y Datos de la Universidad Nacional de Colombia sede Manizales. Especialista Tecnológico en Webmaster del Servicio Nacional de Aprendizaje SENA. Carlos posee experiencia en soporte de infraestructura y mesa de ayuda, pasando por la gestión de TIC’s para el sector educativo hasta la administración de servidores web, siendo capaz de apropiar y aportar nuevas tecnologías enfocadas a soluciones de gestión y manejo óptimo de la información.

     

  • Anteriores colaboradores:

    Dairo Escobar: Líder bajo el cual nació la I2D. Actualmente coordinador del SIB Colombia. Johanna Velasquez: Impulsó el desarrollo del componente biólogico desde su nacimiento. Juliana Rodrigues: Comenzó con el proceso de gestión de datos geoespaciales.

También se puede comunicar con nosotros a traves del e-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.