Los ecosistemas subterráneos son uno de los ecosistemas menos estudiados del país y que han recibido menos atención para su conservación, a pesar de albergar elementos únicos de la biota nacional. En Colombia, sólo existe un caso concreto donde estos esfuerzos de conservación se han consolidado con la declaración de Parque Nacional Natural (PNN) a la Cueva de Los Guácharos (Huila). En los últimos años la Fundación Natura y el Instituto Humboldt, han adelantado trabajos de investigación aplicada a la conservación y al manejo de estos ecosistemas. En 1996 el Instituto inicio una caracterización de la biodiversidad de los ecosistemas subterráneos en Colombia, mediante inventarios de localidades algunos estudios de localidades. Hasta el momento se han registrado 260 sistemas (68% confirmados). Se desconoce el número total de estos sistemas pero se presume que en Colombia hay por lo menos un millar. En el Mapa de Ecosistemas de Colombia (Etter 1998) la mayoría de sistemas de cavernas se encuentran en ecosistemas transformados.