Uno de los principios fundamentales del Instituto es contribuir mediante la coordinación y la generación de información el desarrollo de estrategias nacionales de conservación de componentes fundamentales de la biodiversidad en el país. La filosofía de estas estrategias es reunir a los diferentes actores involucrados para estimular su colaboración, crear redes de instituciones e individuos y abordar los temas desde las diferentes perspectivas tanto de conocimiento, conservación y aspectos legales e institucionales.

En este sentido el instituto ha promovido dos estrategias nacionales las cuales se encuentran en diferentes etapas de desarrollo: el plan nacional de jardines botánicos y la estrategia nacional para la conservación de las aves. Se espera que hacia el futuro el instituto sea gestor activo de este tipo de iniciativas.