El objetivo de este programa es sintetizar y generar información que contribuya a definir acciones tendientes a la conservación de los componentes de la Biodiversidad y los procesos ecológicos y evolutivos que la sustentan. Para ello se adelantan acciones encaminadas a identificar y evaluar especies y ecosistemas amenazados, consolidar los bancos genéticos, recomendar el establecimiento de áreas protegidas, y generar proyectos de restauración de especies y ecosistemas.

Los objetivos específicos de este programa son:

1. Sintetizar y generar información científica orientada a la conservación de especies tanto en su hábitat natural (in situ) como por fuera de él (ex situ), con énfasis sobre las especies amenazadas.

2. Sintetizar y generar información con el fin de entender los factores que inciden sobre el mantenimiento de la diversidad biológica de los ecosistemas.

3. Proveer bases científicas y técnicas para la formulación de estrategias de conservación de los diferentes componentes de la biodiversidad en Colombia.

Así mismo el Programa provee el apoyo científico y la coordinación de la Autoridad Científica CITES.