En 1997 la política nacional de biodiversidad propuso el establecimiento de un Sistema Nacional de Areas Naturales Protegidas (SINAP) constituido por el Sistema de Parques Nacionales Naturales y las áreas naturales protegidas de carácter regional y local, tanto de índole pública o como privada.

Un aspecto fundamental para la consolidación del SINAP es tener una adecuada representatividad de los diferentes ecosistemas y ecorregiones del país. En este sentido el Instituto y WWF están realizando desde 1998 un análisis inédito para detectar vacíos en el actual sistema a escala nacional, el cual ha permitido identificar oportunidades, amenazas y necesidades de conservación.

Esta iniciativa se encuentra en la etapa de finalización, sus objetivos han sido la realización un análisis espacial para definir posibilidades para el establecimiento de áreas de conservación, corredores de hábitat, así como el diseño de una base de datos que maneje la información de un sistema de información geográfica, que sirva como herramienta dinámica de consulta y toma de desiciones en relación con el sistema de áreas protegidas de Colombia, la cobertura vegetal remanente, las amenazas de conservación inminentes, factores socioeconómicos y posibles tendencias de estos elementos. Como parte de este estudio se ha hecho un análisis para cada una de las macroecorregiones del país: atlántica, andina, Chocó, llanos orientales y amazonia. También se ha recopilado una gran cantidad de información georeferenciada ecosistémica, ecorregional, socioeconómica, de accesibilidad y de infraestructura.